Stacja powstała w 1852 Budynek dworca (z 1891), budynek ekspedycji towarowej i szalet są wpisane do rejestru zabytków. Ostatnia renowacja miała miejsce w 2012.

Kolej dotarła do Malborka za pośrednictwem Królewskiej Kolei Wschodniej, która miała połączyć Berlin – stolicę Prus – z Królewcem i Gdańskiem. W 1845 rozpoczęto budowę mostu w Malborku. Ostateczny wariant tej trasy został ustalony w 1847. Rozpoczęte w październiku prace zostały jednak wstrzymane. Rozwiązano Komisję Kolejową w Elblągu, a na miejscu budowy zostawiono tylko inżynierów i geodetów, którzy mieli nie dopuszczać do pogarszania się stanu niedokończonych obiektów. W wyniku Wiosny Ludów w 1848 sytuacja gospodarcza pogorszyła się, ponadto w Berlinie wzrosło bezrobocie i zaczęły się polityczne niepokoje. W wyniku czego władze pruskie postanowiły dokończyć rozpoczętą inwestycję za pomocą "wywrotowych elementów" a wschodnie rubieże bardzo dobrze się do tego nadawały. Z drugiej strony zatrudnienie berlińczyków i Ślązaków nie podobało się miejscowej ludności.