Zbudowano go w XV wieku na fundamentach kościoła romańskiego. Bogato profilowany portal wzniesiony jest z cegły częściowo glazurowanej. Sklepienie kościoła wspiera się na czterech ośmiobocznych filarach. Wszystkie trzy nawy są równej wysokości (kościół halowy). Od strony wschodniej przylega niższe od innych naw prezbiterium, nazywane w średniowieczu chórem, gdyż tutaj, obok ołtarza gromadził się zespół śpiewaków. W XV wieku członkowie cechów, mieszczanie i okoliczne rycerstwo ufundowali kilkanaście ołtarzy, stojących w nawach bocznych i przy filarach. Wspaniałość kościoła odzwierciedlała intensywny rozwój miasta, które pod rządami Gryfitów - słowiańskich książąt pomorskich - szybko się bogaciło.
Najpiękniejszy ołtarz poświęcony był św. Mikołajowi, patronowi żeglarzy i rybaków. Ołtarz ten został ufundowany przez Goleniowski Związek Żeglarzy, odbywających z portu na Inie dalekie podróże morskie. Codziennie odprawiały się tu nabożeństwa za pomyślność rejsów, a 6 grudnia rozdawano hojnie doroczną jałmużnę.
W 1534 roku w związku z wprowadzeniem reformacji kościół przejęli protestanci. W czasie kilkakrotnych remontów wprowadzono wiele nowych pseudogotyckich elementów wystroju architektonicznego. Po zniszczeniach w 1945 roku odbudowano farę w latach 1957-59, starając się przywrócić jej średniowieczny wygląd.